Le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025) s’inscrit dans un continuum soin-recherche et la réutilisation des données issues du soin pour des projets de recherche en est un des axes majeurs. Au-delà de sa vocation sanitaire première avec l’ambition de prendre en charge 50 000 patients chaque année, la réutilisation des données des patients ayant apporté leur consentement sera un atout majeur pour renforcer la compétitivité des équipes de recherche académique et des entreprises françaises et pour développer des collaborations internationales ambitieuses.
Parmi les outils développés dans le cadre du PFMG2025, le Collecteur Analyseur de Données (CAD) est amené à jouer un rôle central. Celui-ci a pour ambition de fournir une infrastructure de collecte des données génomiques et de mise à disposition de services sur les volets du soin et de la recherche. Totalement lié aux autres outils du PFMG2025, il sera alimenté par les laboratoires de séquençage (aujourd’hui les LBM-FMG AURAGEN et SeqOIA), et recevra également les données provenant des projets pilotes (MULTIPLI, DEFIDIAG, GLUCOGEN et POPGEN).
La réutilisation des données du PFMG2025 pour la recherche s’inscrit dans une dynamique de science ouverte. L’ouverture des données a vocation à être la plus large possible, tout en assurant leur sécurité et en respectant un certain nombre de critères scientifiques et éthiques définis par un groupe de travail dédié et validés par la gouvernance du PFMG2025.
Aujourd’hui, le Comité Scientifique et Ethique (CSE) du CAD se met en place. Il sera en charge de s’assurer, dès le mois de septembre 2021, que les projets de recherche ayant accès aux données respectent ces critères. Une procédure a été rédigée dans ce cadre et le guichet d’accompagnement d’accès aux données du PFMG2025 vient d’ouvrir pour expliquer et faciliter les démarches. Des services complémentaires optionnels seront progressivement mis en place pendant la première année de fonctionnement du CAD, pour aider des chercheurs d’horizons diverses à monter leur projet, ou encore pour bénéficier le plus efficacement possible des ressources de calcul du CAD dans le cadre de projets populationnels larges et ambitieux.
Procédure d’accès aux données du CAD pour un projet de recherche
- Le porteur de projet demandant l’accès aux données du CAD sollicite le guichet d’accompagnement du PFMG2025 pour préparer un dossier de candidature : accompagnementCAD@aviesan.fr.
- Le porteur de projet dépose le dossier de candidature au secrétariat du CSE. Le CSE évalue la conformité du projet de recherche aux critères d’accès aux données. Il se réunit tous les mois et à l’issue d’une discussion collégiale, et peut rendre un avis favorable, favorable sous réserve de maturation du projet, ou défavorable.
- Le secrétariat du CAD transmet l’avis motivé du CSE au porteur de projet.
- En cas d’avis favorable sous réserve de maturation, le projet bénéficie d’un accompagnement méthodologique par les équipes du CAD afin d’obtenir un nouvel avis positif du CSE.
- Si un avis favorable est rendu par le CSE, les équipes du CAD organisent des échanges réguliers avec le porteur de projet pour établir un calendrier prévisionnel de l’accès aux données, tenant compte de la disponibilité des données au CAD, de l’importation de données complémentaires pour la réalisation du projet, du plan de charge du CAD et de la date de finalisation du dossier (obtention des financements et des autorisations réglementaires).
- Un accord de collaboration et les engagements du porteur de projet sont signés.
- Un espace sécurisé dédié est créé au sein du CAD, afin d’accéder aux données du PFMG2025.
D’ici la fin de l’année, l’infrastructure du CAD pourra donner accès aux premiers projets de recherche.