#12 – décembre 2024

Depuis Novembre 2023, la réalisation d’examens pangénomiques à partir de prélèvements FFPE est déployée progressivement dans le cadre du PFMG2025. Elle concerne les patients :

• résidant dans les territoires d’Outre-Mer pour toutes les pré-indications de cancérologie du PFMG2025 ;
• atteints de cancers du pancréas, cholangiocarcinomes, cancers de primitif inconnu et néoplasies neuroendocrines, répondant aux critères des pré-indications de cancérologie du PFMG2025.

Un premier bilan à 6 mois des examens pangénomiques effectués sur des prélèvements FFPE par AURAGEN et SeqOIA a été effectué. Il confirme que l’analyse de prélèvements FFPE conduit à une performance analytique inférieure et à une organisation plus complexe et chronophage pour les LBM-FMG, impactant tous les acteurs, des prescripteurs aux biologistes. Il est donc prématuré à ce stade d’élargir les situations dans lesquelles il est possible d’analyser un prélèvement FFPE. Les circuits vont continuer à être rodés dans les 6 prochains mois, avec un nouveau bilan effectué à l’issue de cette période. Dans tous les cas, il reste indispensable de privilégier les prélèvements congelés autant que possible. En parallèle, le CRefIX poursuit ses travaux pour optimiser la qualité des examens pangénomiques effectués sur des prélèvements FFPE. Retrouver la note d'information ici.

Dans le cadre du PNMR3, visant à la réduction de l’errance et impasse diagnostiques, une première phase d’échanges entre la Banque Nationale de Données Maladies Rares (BNDMR), les LBM du PFMG 2025 (SeqOIA et AURAGEN) et les Filières de Santé Maladies Rares sur la mise en place du cartouche génomique de BaMaRa en 2020, avait aboutie à la réalisation d’un Set de Données Minimales Génomiques, le SDM-G. Ce recueil de données, complémentaire au Set de Données Minimal Maladies Rares (SDM-MR) et spécifique à la génomique, permet de collecter des investigations génétiques réalisées, des anomalies chromosomiques, ainsi que de répertorier un ou plusieurs variants pour un ou plusieurs gènes. Sur le plan technique, le SDM-G a été spécialement conçu avec l’objectif de fluidifier le parcours des données entre les systèmes du PNMR, tels que l’application de la BNDMR, BaMaRa, et ceux des plateformes du PFMG, SeqOIA et AURAGEN, dotées de leurs propres outils d’e-prescription (SPICE et HYGEN). Cette interopérabilité répond à la nécessité de réduire les processus de multi-saisies souvent lourds pour les professionnels de santé, de sécuriser et fiabiliser les transferts d’informations entre ces différents systèmes, et in fine d’augmenter l’exhaustivité des données de la BNDMR et des LBM, participant ainsi à l’amélioration de la prise en charge et du soin des patients. Dans la poursuite de ces actions, depuis le 6 novembre dernier, le transfert des données démographiques, cliniques et les investigations génétiques déjà réalisées (réunies sous l’acronyme SDM-P ou Set de Données Minimal Prescription) saisies dans le SDM-MR et le SDM-G via BaMaRa vers les outils de e-prescription de SeqOIA et AURAGEN a été mis en production et est opérationnel. La réalisation de cette étape importante, financée par le PNMR et accomplie en coordination par les équipes de la BNDMR, et des LBM du PFMG, permet à présent de poursuivre les travaux pour le sens « retour », c’est-à-dire le transfert des résultats de génomique des LBM du PFMG vers BaMaRa et le SDM-G. Les développements sont actuellement en cours et une interopérabilité opérationnelle complète entre ces systèmes est attendue au cours du premier semestre 2025. Ce projet d’envergure sera suivi, à l’horizon 2025-2026, par le déploiement de l’interopérabilité de BaMaRa à l’ensemble des Laboratoires de Biologie Médicale contribuant au diagnostic génétique, nécessité mise en évidence par les concertations en vue du PNMR 4.

Lors d'une deuxième grossesse d'un couple non apparenté, un syndrome polymalformatif associant une dysmorphie faciale, une malformation cardiaque, une anomalie des organes génitaux externes à type d'hypospadias et une malformation rénale a été identifié par le suivi échographique. L'analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) réalisée sur liquide amniotique n'a pas mis en évidence de déséquilibre chromosomique pathogène. Face à la sévérité du phénotype, le couple a opté pour une interruption de grossesse. L'examen foetopathologique a permis de préciser le phénotype fœtal et une analyse de génome en trio a été réalisé. Celle-ci a mis en évidence une variation pathogène du gène SMARCB1 responsable du syndrome de Coffin-Siris de type 3 dont le fœtus présente effectivement les principales caractéristiques cliniques. Cette variation n'était pas retrouvée lors de l'étude des ADNs leucocytaires parentaux ce qui était en faveur de sa survenue de novo. Rapidement après ce résultat, et bénéficiant donc d'un conseil génétique plutôt rassurant, le couple a démarré une nouvelle grossesse. Lors de l'échographie du premier trimestre un important hygroma kystique a été identifié chez ce second fœtus pour lequel le couple a formulé le vœu d'une interruption de grossesse. L’ACPA sur villosités choriales n'a pas mis en évidence de déséquilibre chromosomique pathogène. Face au risque que la variation SMARCB1 soit en fait présente chez l'un des deux parents en mosaïque germinale, indétectable par l'étude sur le sang, la recherche de la variation précédemment identifiée a été réalisée sur cette seconde grossesse. Ce deuxième fœtus s’est lui aussi avéré porteur de la variation SMARCB1 pathogène réalisant donc une récurrence de la même pathologie. Face à cette récurrence le couple a formulé une demande de diagnostic pré-implantatoire pour les grossesses suivantes. Pour que celle-ci soit recevable, il a d'abord fallu montrer que les deux fœtus avaient effectivement reçu un allèle commun de l'un des deux parents. Il a été possible de faire cette démonstration par étude de microsatellites ciblés et ce couple a pu accéder au parcours de diagnostic pré-implantatoire. Cette procédure est actuellement en cours. Cette situation illustre l'importance du diagnostic primaire, le rôle du conseiller en génétique et l'articulation entre les laboratoires PFMG2025 et hospitaliers pour aboutir à une prise en charge adéquate.